На базе МБОУ лицея № 16 г.Ставрополя работают следующие кружки и секции:
1) физкультурно-спортивной направленности: спортивная секция "Бадминтон" (5-9 классы);
2) художественной направленности: театральная студия "Лицедеи", мастерская "Художественное слово", музыкальная мастерская "Звоночки" (1-11 классы)
3) социально-педагогической направленности: клуб "Что? Где?Когда?" (9-11 классы), отряд "Милосердие"т (6-7 классы), "Я - Ставрополец" (6-8 классы), отряд "ЮИД" (4-5 классы);
4) военно-патриотической направленности: "Зарничник" (8-9 классы)